Sekret (nph) PCR SARS-CoV-2, Influensa A+B och RSV

SARS-CoV-2: Coronavirus är enkelsträngat-RNA-virus och tillhör familjen Coronaviridae. Det finns sex arter av coronavirus som är kända för att orsaka sjukdomar hos människa, från lättare förkylning till svår akut respiratoriskt syndrom (229E, OC43, NL63 och HKU1, SARS-CoV, MERS-CoV och SARS-CoV-2.) Viruset generellt har lätt att mutera och under pandemin har flera virus-mutationer av SARS-CoV-2 påvisats. Viruset finns framförallt i luftvägssekret och smittspridning sker främst som droppsmitta från hostningar och nysningar, även aerosolsmitta förekommer. Kontaktsmitta sker genom smittförande sekret. Inkubationstid är 2-14 dagar. Vanliga symtom är feber, hosta, myalgi, artralgi. Snuva, slem, diarré och kräkningar är mindre vanligt. De flesta får lindriga symtom. Vanligaste komplikationen är pneumonit. Ett fåtal patienter utvecklar svår lunginflammation, lungödem, ARDS eller multiorgansvikt och dödligheten är hög vid dessa fall framför allt om patienten är äldre (>70 år) samt har annan samsjuklighet.

Influensa: Symptomen vid influensa är hastigt påkommande feber, frossa, muskelvärk, huvudvärk, halsont, snuva och hosta. Viral influensapneumoni har hög mortalitet. Sekundär bakteriell pneumoni och otit förekommer framför allt hos äldre och barn (pneumokocker, stafylokocker, mm). . Mag-tarmpåverkan med diarré kan förekomma; särskilt hos barn och gamla. Inkubationstiden är 1-4 dagar. Smittsamheten är störst i samband med insjuknandet men sträcker sig från upp till ett dygn före insjuknande till cirka en vecka efter insjuknande. Barn (framför allt vid förstagångsinfektioner) är betydligt mer smittsamma (upp till cirka tre veckor) än vuxna (reinfektioner).

På grund av hög mutationsfrekvens hos influensa A viruset och att flera stammar cirkulerar och avlöser varandra mellan säsongerna skyddar sällan tidigare infektion mot ny infektion, däremot kan infektionsepisoden bli lindrigare. Behandlingen är i första hand symptomatisk, men specifik antiviral behandling finns. Vaccination rekommenderas inför varje säsong för riskgrupper.

RSV: RSV är ett paramyxovirus som orsakar akut luftvägsinfektion med symptom från lindrig förkylning till allvarlig lunginflammation eller bronkiolit. En infekterad person är smittsam i omkring 3-8 dagar förekommer hos små barn och hos personer med nedsatt immunförsvar(några veckor). RSV-infektion uppträder i årliga epidemier under vinterhalvåret. RSV sprids mest bland små barn. Hos 1–2 procent av spädbarnen blir symtomen så svåra att sjukhusvård krävs. RS-virus kan orsaka upprepade luftvägsinfektioner livet igenom, oftast med måttliga till svåra övre luftvägssymtom. Svår nedre luftvägsinfektion ses främst (förutom hos spädbarn) bland äldre eller patienter med nedsatt hjärt-/lungfunktion eller immunförsvar.  Hösten 2025 genomfördes nya rekommendationer för att skydda barn mot allvarlig RSV-infektion, dels monoklonala antikroppar som ges direkt till barnet och dels maternell vaccination av mamman under graviditeten.

Tolkning

Med PCR uppnås både hög känslighet och specificitet. Risk för falskt negativa resultat är liten under den första sjukdomsveckan, ju tidigare i förloppet desto mer virus finns det. Med PCR kan RNA ibland påvisas upp till flera veckor efter utläkt infektion, PCR-resultat ska alltid värderas i relation till patientens symtom.