SARS-CoV-2, Influensa och RSV genompåvisning RNA
Utförande laboratorium
Klinisk mikrobiologi, Sunderby sjukhus
Klinisk kemi, Gällivare, Kiruna, Kalix och Piteå sjukhus.
Remiss
I första hand elektronisk remiss (VAS-kod: CoV2NA eller INFLU). Om kliniken ej kan skicka elektronisk remiss: Mikrobiologiska laboratoriets pappersremiss (innebär extra kostnad).
Viktig remissinformation: Symtom, inläggning på sjukhus, boende på SÄBO, kontakt med hemtjänst. Om personen är vård- och omsorgspersonal.
Provtagning
NasopharynxpRealtids-PCRrov rekommenderas. Svalgsekret kan tas vid behov, men rekommenderas inte som enda prov vid misstanke på covid-19, influensa och RSV.
Provtagningsset för nasopharynx PCR art. nr: 25748 flockad, tunn, böjbar nasopharynxpinne med transportrör.
Provtagningsset för svalg PCR art. nr: 25747. Set med hård pinne för svalg och transportrör med vätska.
Nasofarynxsekret ev. kombinerat med svalgsekret
1. Låt patienten snyta sig först, provkvaliteten blir bättre.
2. Låt patienten sitta eller ligga. Huvudet ska vila mot fast underlag (säng eller provtagarens hand). Tryck lätt upp patientens nästipp.
3. Mät först avståndet mellan näsa och öra så du vet hur långt du ska gå in.
4. Rikta provpinnen horisontellt och för in den längs med näsgolvet och parallellt med gomtaket tills du känner att pinnen har nått bakre svalgväggen (i höjd med ytterörat), man känner ett lätt motstånd.
5. Pinnen roteras i bakre nasofarynx i 10 sekunder så att celler och sekret fastnar på pinnen. Detta moment är ofta obehagligt för patienten.
6. Pinnen roteras sedan i röret i 20 sekunder och kastas därefter.
7. För att öka känsligheten kan även svalgsekret tas från bakre svalg/tonsillers (enbart svalgprov rekommenderas inte).
8. Använd vid behov tungspatel och ficklampa.
9. Skrapa pinnen flera gånger mot den bakre svalgväggen och tonsillerna så att sekret fastnar på pinnen.
10. Pinnen roteras sedan i samma rör i 20 sekunder och kastas därefter.
OBS! Nasopharynx- och svalgpinne ska sättas i samma rör
11. Provröret desinfekteras med ytdesinfektion och torkas innan etikett sätts på. OBS! streckkoden på etiketten förstörs av viss desinfektion.
Även sugprov/aspirat från nasopharynx kan analyseras. Alternativt tas prov från nedre luftvägar; sputum, bronksekret eller trakealsekret i sterilt rör. Detta måste uppges på remissen.
Provtagningsmaterial
-
Provtagningsset Influensa för nasopharynxArt.nr: 25748
-
Provtagningsset mycoplasma/twar för svalgprov SArt.nr: 25747
Provhantering
Sänd provet utan dröjsmål till det analyserande laboratoriet. Provet bör transporteras kylt om transporttiden överskrider 4 timmar.
Svarsrutiner
Besvaras PÅVISAD eller EJ påvisad för SARS-CoV-2, influensa A, influensa B eller RSV.
Inga CT-värden anges i provsvar.
Om särskilt hög eller låg virusnivå för SARS-CoV-2 har påvisats i analysen kommenteras det i svaret med förklaring. OBS! Endast på svar från Gällivare och Sunderbyn.
Analysen utförs under respektive laboratoriums ordinarie öppettider och svar erhålles inom 1 dygn.
Referensintervall/Beslutsgräns
Ej påvisad.
Indikation
Påvisande av SARS-CoV-2, influensa A och B samt RSV (respiratoriskt syncytialvirus) i nasofarynxprov hos patienter med symtom.
Medicinsk bakgrund/Tolkning
SARS-CoV-2: Coronavirus är enkelsträngat-RNA-virus och tillhör familjen Coronaviridae. Det finns sex arter av coronavirus som är kända för att orsaka sjukdomar hos människa, från lättare förkylning till svår akut respiratoriskt syndrom (229E, OC43, NL63 och HKU1, SARSCoV, MERS-CoV). I december 2019 fick insjuknande personer som arbetade på eller bodde i närheten av Huanans skaldjursmarknad i Wuhan, Hubei-provinsen i Kina, lunginflammation av okänd orsak. Djupsekvenseringsanalys av luftvägsprover påvisade ett nytt coronavirus, SARS-CoV-2.Viruset generellt har lätt att mutera och under pandemin har flera virus-mutationer av SARS-CoV-2 påvisats. Viruset finns ffa i luftvägssekret och smittspridning sker främst som droppsmitta från hostningar och nysningar, även aerosolsmitta förekommer. Kontaktsmitta sker genom smittförande sekret. Inkubationstid är 2-14 dagar. Vanliga symtom är feber, hosta, myalgi, artralgi. Snuva, slem, diarré och kräkningar är mindre vanligt. De flesta får lindriga symtom. Vanligaste komplikationen är pneumonit. Ett fåtal patienter utvecklar svår lunginflammation, lungödem, ARDS eller multiorgansvikt och dödligheten är hög vid dessa fall framför allt om patienten är äldre (>70 år) samt har annan samsjuklighet.
Influensa: Symptomen vid influensa är hastigt påkommande feber, frossa, muskelvärk, huvudvärk, halsont, snuva och hosta. Viral influensapneumoni har hög mortalitet. Sekundär bakteriell pneumoni och otit förekommer framför allt hos äldre och barn (pneumokocker, stafylokocker, mm). . Mag-tarmpåverkan med diarré kan förekomma; särskilt hos barn och gamla. Inkubationstiden är 1-4 dagar. Smittsamheten är störst i samband med insjuknandet men sträcker sig från upp till ett dygn före insjuknande till cirka en vecka efter insjuknande. Barn (framför allt vid förstagångsinfektioner) är betydligt mer smittsamma (upp till cirka tre veckor) än vuxna (reinfektioner).
På grund av hög mutationsfrekvens hos influensa A viruset och att flera stammar cirkulerar och avlöser varandra mellan säsongerna skyddar sällan tidigare infektion mot ny infektion, däremot kan infektionsepisoden bli lindrigare. Behandlingen är i första hand symptomatisk, men specifik antiviral behandling finns. Vaccination rekommenderas inför varje säsong för riskgrupper.
RSV: RSV är ett paramyxovirus som orsakar akut luftvägsinfektion med symptom från lindrig förkylning till allvarlig lunginflammation eller bronkiolit. En infekterad person är smittsam i omkring 3-8 dagar förekommer hos små barn och hos personer med nedsatt immunförsvar(några veckor). RSV-infektion uppträder i årliga epidemier under vinterhalvåret. RSV sprids mest bland små barn. Hos 1–2 procent av spädbarnen blir symtomen så svåra att sjukhusvård krävs. RS-virus kan orsaka upprepade luftvägsinfektioner livet igenom, oftast med måttliga till svåra övre luftvägssymtom. Svår nedre luftvägsinfektion ses främst (förutom hos spädbarn) bland äldre eller patienter med nedsatt hjärt-/lungfunktion eller immunförsvar.
Tolkning
Med PCR uppnås både hög känslighet och specificitet. Risk för falskt negativa resultat är liten under den första sjukdomsveckan, ju tidigare i förloppet desto mer virus finns det. Med PCR kan RNA ibland påvisas upp till flera veckor efter utläkt infektion, PCR-resultat ska alltid värderas i relation till patientens symtom.
Interferens och felkällor
Annat provtagningsmaterial än rekommenderat kan leda till att provet inte kan analyseras. Analysresultatet påverkas av när i sjukdomsförloppet provet tas, en vecka efter symtomdebut kan virusmängden vara låg eller ej detekterbar. Korrekt provtagning är en förutsättning för hög känslighet i analysen.
Metod
Realtids-PCR
Ackrediterad
Nej