Tarmpatogena bakterier
Utförande laboratorium
Mikrobiologiska laboratoriet, Sunderby sjukhus
Remiss
I Cosmic: Mikrobiologi - Mage/Tarm - Faeces | PCR | Tarmpatogena bakterier
Beställare utan tillgång till Cosmic kan använda Klinisk mikrobiologis pappersremiss.
Analysen omfattar :
- Salmonella
- Shigella/enteroinvasiva E. coli (EIEC)
- Campylobacter jejuni och C. coli
- EHEC (enterohemorragisk E. coli, stx1/stx2)
- Yersinia enterocolitica
- Vibrio cholerae, V. vulnificus och V. parahaemolyticus
- Plesiomonas shigelloides
- Enterotoxinbildande E. coli (ETEC)
Viktig remissinfo:
- infektionsort – inhemsk smitta eller utlandssmitta
- kliniska symtom
- blodig diarré, om förekommande
- misstänkt smittkälla
- eventuell utbrottssituation
OBS! EHEC stx2f ingår inte i PCR-analysen.
Om EHEC-misstanke kvarstår trots negativt PCR-svar kan provet skickas till Mikrobiologen i Umeå för stx2f. Kontakta i så fall laboratoriet omgående.
Om odling för Yersinia pseudotuberculosis och Aeromonas spp. önskas ska detta begäras på remissen, kan även efterbeställas per telefon efter negativt analyssvar på tarmpatogena bakterier.
Bedömning av provets representativitet för tarmfloran utförs inte längre rutinmässigt. Ange på remissen om sådan bedömning önskas.
Provtagning
Provvmaterial: Faeces i burk med sked utan tillsats.
- Minst 2–3 skedar avföring
- Högst halva burken ska fyllas
Provtagningsmaterial
-
Rör faeces med skopa 20ml SArt.nr: 15450
Provhantering
Förvara provet i kyl och transportera det snarast till laboratoriet.
Svarsrutiner
Både positiva och negativa PCR-svar fås dagligen vardagar. Efter telefonkontakt med infektionsjour, och därefter laboratoriet kan eventuellt svar fås på helgdag.
Shigella/EIEC odlas för vidare typning och resistensbestämning.
EHEC skickas till Umeå Mikrobiologen för stx1/2-typning (PCR) och odlingsförsök.
Yersinia enterocolitica odlas för vidare typning mellan patogena och ickepatogena
Y. enterocolitica.
Vibrio odlas för typning av Vibrio cholera, V. vulnificus, paramenolyticus.
Salmonella odlas för typning och eventuellt resistensbestämning. Viktigt att ange om inhemsk smitta eftersom inhemska stammar skickas för epidemiologisk typning.
Odling kan utföras på begäran inom 2 vardagar på alla agens (förutom ETEC), till exempel när resistensbestämning är indicerat för inneliggande patienter.
Referensintervall/Beslutsgräns
Påvisad / Ej påvisad
Indikation
Infektiös diarré och buksmärtor, ibland med kräkningar och feber.
Medicinsk bakgrund/Tolkning
Salmonella, Shigella/Enteroinvasiva E coli (EIEC), Campylobacter (jejuni och coli), EHEC (Enterohemorragisk E coli), Yersinia enterocolitica, Vibrio (V. vulnificus, V. parahaemolyticus och V. cholerae) är anmälningspliktiga enligt smittskyddslagen.
Shigella och EIEC är närbesläktade och kan ge upphov till likartade symptom vid tarminfektion. Vår PCR-baserade metod kan inte skilja på dem och alla positiva prov ska därför anmälas, oavsett växt av Shigella eller ej.
Resistensbestämning utförs alltid för Shigella spp. eftersom behandling har god effekt på symtom och smittbärarskap.
Resistensbestämning utförs ej rutinmässigt för övriga tarmpatogena bakterier eftersom dessa infektioner normalt ej antibiotikabehandlas. Om resistensbestämning önskas i efterhand kan detta begäras inom 2 vardagar.
Provet kan bli positivt i PCR men negativt i odling. Detta kan bero på låg bakteriemängd i prov eller genomgången infektion, nukleinsyra kan kvarstå i flera veckor efter genomgången infektion.
Interferens och felkällor
Transporttiden påverkar känsligheten vid odling, framför allt för Shigella, sensitiviteten sjunker vid långa transporttider (>24 timmar).
Metod
Realtids-PCR och odling på selektiva substrat, anrikning i buljong.
Ackrediterad
Ja