Faeces PCR och odling, Enteriska bakterier
Utförande laboratorium
Mikrobiologiska laboratoriet, Sunderby sjukhus
Remiss
I Cosmic: Mikrobiologi - Mage/Tarm - Faeces | PCR | Enteriska bakterier
Beställare utan tillgång till Cosmic kan använda Klinisk Mikrobiologis pappersremiss.
Viktig remissinfo: infektionsort (inhemsk smitta eller utlandssmitta), kliniska data, förekomst av blodiga diarréer, misstänkt smittkälla, ev. utbrottssituation.
Det görs ej längre bedömning om provet är representativt för tarmfloran, om detta önskas var god ange det på remissen.
Om odling för Yersinia pseudotuberculosis och Aeromonas spp. önskas ska de beställas separat.
Provtagning
Faeces i burk med sked utan tillsats, minst 2-3 skedar och max halva burken ska fyllas.
Provtagningsmaterial
-
Rör faeces med skopa 20ml SArt.nr: 15450
Provhantering
Kyltransport. Prov hållbart i kyl 2-8°c i 5 dagar.
Svarsrutiner
Både positiva och negativa PCR-svar fås dagligen vardagar. Efter telefonkontakt med infektionsjour och därefter laboratoriet kan eventuellt svar fås på helgdag.
Shigella/EIEC odlas för vidare typning och resistensbestämning.
EHEC odlas för typning (skickas till NUS).
Vibrio odlas för typning.
Yersinia enterocolitica odlas för vidare typning mellan patogena och ickepatogena Y. enterocolitica.
Salmonella odlas för typning och ev. resistensbestämning.
Odling kan utföras på begäran inom 2 vardagar på alla agens (förutom ETEC), till exempel när resistensbestämning är indicerat för inneliggande patienter.
Referensintervall/Beslutsgräns
Påvisad / Ej påvisad
Indikation
Infektiös diarré och buksmärtor, ibland med kräkningar och feber.
Medicinsk bakgrund/Tolkning
Analysen omfattar Salmonella spp., Shigella spp./Enteroinvasiva E coli (EIEC), Campylobacter spp (jejuni och coli), EHEC (Shigatoxin 1/Shigatoxin 2), Yersinia enterocolitica, Vibrio (V. vulnificus, V. parahaemolyticus och V. cholerae), Plesiomonas shigelloides och Enterotoxinbildande E coli (ETEC).
De fem förstnämnda är anmälningspliktiga enligt smittskyddslagen.
Shigella och EIEC är närbesläktade och kan ge upphov till likartade symptom vid tarminfektion. Vår PCR-baserade metod kan inte skilja på dem och alla positiva prov ska därför anmälas, oavsett växt av Shigella eller ej.
Resistensbestämning utförs alltid för Shigella spp. eftersom behandling har god effekt på symtom och smittbärarskap.
Resistensbestämning utförs ej rutinmässigt för Salmonella, Campylobacteroch Yersinia enterocolitica eftersom dessa infektioner normalt ej antibiotikabehandlas. Om resistensbestämning önskas i efterhand kan detta begäras inom 2 vardagar.
I enstaka fall kan provet bli positivt i PCR men negativt i odling. Detta kan bero på låg bakteriemängd i prov eller genomgången infektion, nukleinsyra kan kvarstå i flera veckor efter genomgången infektion.
Interferens och felkällor
Korrekt provtagning är avgörande för analysresultatet, minst 2-3 skedar avföring måste finnas i provburken.
Transporttiden påverkar känsligheten vid odling, framför allt för Shigella, sensitiviteten sjunker vid långa transporttider (>24 timmar).
Upprepad provtagning ger signifikant fler positiva fynd än enstaka prov. Utbytet beräknas vara 70-80 % vid varje provtagningstillfälle. Därför rekommenderas 2-3 prover per patient.
Metod
Realtids-PCR och odling på selektiva substrat, anrikning i buljong.
Ackrediterad
Ja