Faecesdiagnostik, tarmpatogena bakterier, PCR och odling
Utförande laboratorium
Mikrobiologiska laboratoriet, Sunderby sjukhus
Remiss
I första hand elektroniskt via VAS (VAS-kod: FODL) alternativt
Mikrobiologiska laboratoriets pappersremiss.
Viktig remissinfo: infektionsort (inhemsk smitta eller utlandssmitta), kliniska
data, förekomst av blodiga diarréer, misstänkt smittkälla, ev. utbrottssituation.
Det görs ej längre bedömning om provet är representativt för tarmfloran, om
detta önskas var god ange det på remissen.
Ange om odling för Yersinia pseudotuberculosis och Aeromonas spp. önskas,
eftersom de inte ingår i analysen.
Provtagning
Faeces i burk med sked utan tillsats, minst 2-3 skedar och max halva burken ska fyllas, art. nr. 15450.
Provtagningsmaterial
-
Rör faeces med skopa 20ml SArt.nr: 15450
Provhantering
Kyltransport. Prov hållbart i kyl 2-8°c i 5 dagar.
Svarsrutiner
Både positiva och negativa PCR-svar fås dagligen vardagar. Efter telefonkontakt
med infektionsjour, och därefter laboratoriet kan ev. svar fås på helgdag.
Shigella/EIEC odlas för vidare typning och resistensbestämning.
EHEC odlas för typning.
Vibrio odlas för typning.
Yersinia enterocolitica odlas för vidare typning mellan patogena Y.
enterocolitica och ickepatogena.
Salmonella odlas för typning och ev. resistensbestämning.
Odling kan utföras på begäran inom 2 vardagar på alla agens (förutom
ETEC), till exempel när resistensbestämning är indicerat för inneliggande patienter.
Referensintervall/Beslutsgräns
Påvisad / Ej påvisad
Indikation
Infektiös diarré och buksmärtor, ibland med kräkningar och feber.
Medicinsk bakgrund/Tolkning
Analysen omfattar Salmonella spp., Shigella spp./Enteroinvasiva E coli
(EIEC), Campylobacter spp (jejuni och coli), EHEC (Shigatoxin 1/Shigatoxin
2), Yersinia enterocolitica, Vibrio (V. vulnificus, V. parahaemolyticus och V.
cholerae), Plesiomonas shigelloides och Enterotoxinbildande E coli (ETEC).
De fem förstnämnda är anmälningspliktiga enligt smittskyddslagen.
Shigella och EIEC är närbesläktade och kan ge upphov till likartade symptom
vid tarminfektion. Vår PCR-baserade metod kan inte skilja på dem och alla
positiva prov ska därför anmälas, oavsett växt av Shigella eller ej.
Resistensbestämning utförs alltid för Shigella spp. eftersom behandling har
god effekt på symtom och smittbärarskap.
Resistensbestämning utförs ej rutinmässigt för Salmonella, Campylobacter
och Yersinia enterocolitica eftersom dessa infektioner normalt ej
antibiotikabehandlas. Om resistensbestämning önskas i efterhand kan detta
begäras inom 2 vardagar.
I enstaka fall kan provet bli positivt i PCR men negativt i odling. Detta kan
bero på låg bakteriemängd i prov eller genomgången infektion, nukleinsyra
kan kvarstå i flera veckor efter genomgången infektion.
Interferens och felkällor
Korrekt provtagning är avgörande för analysresultatet, minst 2-3 skedar
avföring måste finnas i provburken.
Transporttiden påverkar känsligheten vid odling, framförallt för Shigella,
sensitiviteten sjunker vid långa transporttider (>24 timmar).
Upprepad provtagning ger signifikant fler positiva fynd än enstaka prov.
Utbytet beräknas vara 70-80 % vid varje provtagningstillfälle. Därför
rekommenderas 2-3 prover per patient.
Metod
Realtids-PCR och odling på selektiva substrat, anrikning i buljong.
Ackrediterad
Ja