Enteriska virus genompåvisning (RT-PCR)
Utförande laboratorium
Mikrobiologiska laboratoriet
Remiss
I första hand VAS (VAS-kod NORO). Alternativt mikrobiologens pappersremiss.
Provtagning
Faeces, ca 1 tsk flytande/lös (ej fast), i särskild faecesburk med sked. Analysen kan INTE utföras på prov taget med agar-pinne. Kräkning kan användas i undantagsfall men kan ge osäkert resultat då kräkning kan vara utspätt med maginnehåll som kan påverka analysens känslighet.
Provhantering
Sänd provet kylt utan dröjsmål till laboratoriet. Provet bör transporteras fryst om transporttiden överskrider 24 timmar.
Svarsrutiner
Analysen utförs dagtid vardagar, vid behov av analyssvar på helger kontakta lab. Metoden detekterar Norovirus GI och GII, Sapovirus (genotyper I,II,IV, V), Rotavirus A, Adenovirus F40/41 och Humant Astrovirus.
Referensintervall/Beslutsgräns
Påvisad eller Ej påvisad för respektive virus.
Indikation
Vinterkräksjuka, magsjuka med diarréer och kräkningar
Medicinsk bakgrund/Tolkning
Enteriska virus är den vanligaste orsaken till infektiös gastroenterit hos såväl barn som vuxna. De sprids direkt via kontaminerat livsmedel och vatten eller indirekt via kontakt med kräkningar och diarréer.
Norovirus och Sapovirus tillhör Calicivirus. Förekommer i alla åldrar. Inkubationstiden är kort 1-2 dagar och kliniken är typisk: urakuta kräkningar, illamående, buksmärta, diarréer, feber och muskelvärk. Symptomen varar oftast 1-2 dygn. Vanligt med nosokomial smitta samt livsmedelssmitta. Utbrott kan förekomma under hela året, men är vanligast under vinterhalvåret.
Rotavirus är den vanligaste orsaken till diarré hos barn. Äldre kan också insjukna. Inkubationstiden är 1-3 dagar. Endemiska utbrott är vanligast under vintern. Infektionen kan orsaka vätskeförluster som kräver intravenös substitution. Även rotavirus orsakar årligen nosokomiala utbrott. Vaccin finns och kommer att införas i barnvaccinationsprogrammet 2018.
Adenovirus har 49 serotyper som orsakar flera olika slags infektioner hos människa. Serotyp 40 och 41 är associerade med akuta gastroenteriter. De är efter rotavirus den vanligaste orsaken till febril diarré hos barn. Adenovirusinfektioner förekommer året runt. Inkubationstiden är 7-10 dagar. De flesta infektioner är lindriga och kräver ingen behandling. Viruset utsöndras i stora mängder i faeces som kan kvarstå under flera månader.
Astrovirus har 8 serotyper, där typ 1 dominerar. Viruset är orsak till <10% av gastroenteriter hos barn, och förekommer i större utsträckning hos personer med nedsatt immunförsvar. Viruset kan även drabba äldre. Förloppet med diarré och kräkningar liknar det vid rotavirus, men har kortare duration och mildare symptom. Hos friska vuxna orsakar astrovirus en mildare form av gastroenterit än calici- och rotavirus, men kan också vara helt asymptomatisk.
Interferens och felkällor
Negativa resultat vid gastroenterit kan bero på infektion av patogener som inte detekteras med detta test eller icke-infektiösa orsaker.
Metod
Realtids-PCR
Ackrediterad
Nej